科学家在玉米中发现了一种单基因突变品系甲，甲品系玉米自交后的果穗上出现严重干瘪且无发芽能力的籽粒。为探究玉米籽粒发育的遗传调控机制，科研人员进行了相关研究。
(1)将突变体甲自交，得到子代中籽粒正常与干瘪的比例约为3:1，子代随机授粉，后代的表型及比例为________。
(2)有人认为：玉米的籽粒正常是由A基因控制的。研究者将克隆得到的A基因转化到F₁中，获得了转入单个A基因的转基因玉米（A基因在染色体上的位置不详）。让该转基因玉米自交，若子代中籽粒干瘪占1/4，这一结果是否支持上述观点。做出判断并说明理由。________
(3)经实验确认A基因控制籽粒正常，为进一步确定A基因在玉米染色体上的位置，研究人员借助位置已知的M/m基因进行分析。用基因型为mm且籽粒正常的纯合子P与基因型为MM的甲品系杂交得F₁，F₁自交得F₂。用M、m基因的特异性引物，对F₁植株果穗上籽粒干瘪（F₂）胚组织的DNA进行PCR扩增，扩增结果如图所示的①、②、③三种类型。统计籽粒干瘪（F₂）的数量，发现类型①最多、类型②很少、类型③极少。依据上述统计结果，基因A、a与M、m的位置关系是________（用横线表示染色体，圆点表示基因在染色体上的位置），出现极少数的类型③的原因是________。

(4)进一步研究发现，籽粒干瘪是由A基因突变为a基因导致的。经DNA序列分析得到了A基因和a基因编码链（非模板链）的结构如图。据图分析，A基因突变后使其编码的蛋白质功能丧失的原因是________。