细胞合成的蛋白有不同的定位，如胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白及细胞器蛋白。这种定位通常由各种信号序列引导其运输与加工，其中最常见的就是信号肽，此外还有线粒体定向肽、核定位信号等。图一是细胞内各种蛋白质的合成过程及去向。图二是信号肽假说的示意图。请据图回答问题：

(1)分离图一中各种细胞器的方法是____________。细胞内含有很多膜结构，这些膜结构之间有直接或间接的联系，其中______________可以通过囊泡与其他膜结构形成间接联系，内接内质网，外接___________。
(2)由图一可知，细胞内蛋白质的初始合成场所都是____________。除了⑤以外，送往不同细胞结构的蛋白质都含有________________，这是定向运输所必须的。叶绿体中的蛋白质不都来自⑦过程，原因是叶绿体中含有___________________，可指导部分蛋白质的合成，是半自主细胞器。某些蛋白质经⑧过程进入细胞核，需要经过___________（结构）。②③过程产生的蛋白质，经途径④送往溶酶体、成为膜蛋白或_____________。
(3)科学家在研究分泌蛋白合成的先后顺序时，采用的方法是________________。据图二可知，细胞中的信号识别颗粒（SRP）与信号肽序列结合，再与内质网膜上的____________结合，引导蛋白质继续合成，形成一定的______________。若信号肽序列缺失，会导致新生肽在______________中堆积，不利于细胞正常生命活动的进行。
(4)若把溶酶体酶相关基因导入细菌内，也指导合成了相应的蛋白质，但此蛋白质不具备正常的功能可能的原因是：___________。注：从两类细胞含有细胞器的差异角度分析。