生物的遗传和变异与作物育种、生物进化有内在联系，阅读分析下面材料，回答下列问题：
材料一：2018年4月8日，中央电视台新闻频道报道：中国工程院院士、“杂交水稻之父”袁隆平及其团队培育出高产、抗盐碱的杂交水稻新品种—海水稻，在海南省大面积试种，据推算，海水稻将来可以解决两亿人的吃饭问题。
材料二：在19世纪中叶前，英国曼彻斯特地区的桦尺蠖有黑色型（A基因控制）、浅色类型（a基因控制）两种类型，浅色类型占大多数，后来由于工业发展，工厂排出的黑烟把树皮熏成黑褐色，黑色类型的桦尺蠖逐渐增多，到了20世纪中叶黑色类型占大多数。
（1）利用高产、不抗盐碱水稻和低产、抗盐碱水稻杂交，再经过几代优劣留良选择过程。培育出高产、抗盐碱海水稻的育种方法叫_______育种，其原理是___________（填“基因突变”或“基因重组”）。
（2）假设19世纪中叶前，曼彻斯特地区的桦尺蠖种群基因型频率为AA 4%、Aa 6%、aa 90%，则A基因频率为________。
（3）曼彻斯特地区的桦尺蠖有黑色型和浅色类型，经过若干年自然选择后，黑色类型桦尺蠖占多数，说明自然选择是_______（填“定向的”或“不定向的”），自然选择过程中，直接受选择的是________（填“基因型”或“表现型”）。