重叠基因是指两个或两个以上的基因共有一段DNA序列，或是指一段DNA序列成为两个或两个以上基因的组成部分。噬菌体ΦX174由一个环状单链DNA和蛋白质衣壳构成，在感染大肠杆菌时首先会形成复制型的双链DNA分子，然后再控制相关蛋白质的合成。1977年F·桑格在测定该噬菌体DNA的全部核苷酸序列时，却意外地发现基因D中包含着基因E，如下图（图中Met、Ser、Gln等表示氨基酸），回答下列相关问题。

(1)噬菌体ΦX174的DNA中含有游离的磷酸基团_____个，_____构成了其DNA的特异性。据图分析，D基因形成的复制型双链DNA分子中含有_____个核苷酸。
(2)在D基因翻译的过程中一个mRNA可以与多个核糖体结合的意义是_____。在大肠杆菌中分布的多聚核糖体常与DNA结合在一起，这说明_____。若噬菌体ΦX174的D基因中一个碱基发生了替换，使第149位的谷氨酸变为丙氨酸（密码子CCU、CCC、GCA、CCG），则发生的碱基替换情况是_____。
(3)D基因编码的蛋白质中_____（填“是”或“否”）包含与E基因编码的蛋白质完全相同的90个氨基酸序列。据题分析基因重叠在遗传学上的意义_____（写出一点即可）。